Чилиец возглавил андалузский клуб в ноябре 2010 года, сменив на посту главного тренера Жезуалду Феррейру. В следующем сезоне 59-летний наставник привел Малагу к наивысшему достижению в примере - четвертому месту.
ЧИТАЙТЕ ТАКЖЕ: МанСити нашел тренера? Пелегрини покинет Малагу 1 июля - СМИ
В нынешней кампании андалузцы дебютировали в Лиге чемпионов UEFA и дошли до четвертьфинала, где на их пути встала дортмундская Боруссия, победившая со счетом 3:2 по сумме двух матчей.
"Каждый человек имеет право на собственные поступки. Малага выбрала другую дорогу. У Малаги было прошлое без Мануэля Пеллегрини, теперь клубу придется строить планы на будущее без меня", - отметил чилиец.
До конца нынешнего сезона Малаге, занимающей пока шестое место, осталось сыграть два матча в рамках чемпионата Испании - с Депортиво и Барселоной.
Напомним, ранее сообщалось, что Пеллегрини возглавит Манчестер Сити.